研究ユニット
公共政策に関する研究の単位組織として、研究ユニットを設置しています。研究ユニットの活動や研究成果は各ホームページで報告するほか、公開シンポジウムやセミナーによって、社会に広く発信しています。
グローバルガバナンス研究教育センター（CREGG)
国際秩序の安定のための枠組みを構想するグローバルガバナンス研究を核に、政策プロフェッショナルの育成を行います。
医療政策・技術評価研究ユニット(HPTA)
我が国は新たな薬価制度を中心として医療制度の大きな変革期を迎え、これまで以上に医療技術評価関連の実務や研究が求められています。当ユニットは医療技術評価研究の産官学のプラットフォームとしての役割を担います。
戦略的コミュニケーション教育研究ユニット（SCERU)
欧州連合（EU）の支援を受け、特に欧州と日本の視点や専門的な知見を結集させることに重点を置いて、戦略的コミュニケーションに関する教育・研究・実務家セミナーを実施します。
科学技術イノベージョン政策の科学教育･研究ユニット(STIG)
科学技術イノベーション政策の形成や実施に必要なエビデンス構築手法や政策プロセスに関する知識を習得した科学技術ガバナンスの担い手を育成する横断型教育プログラムを運営し、関連研究を実施しています。
科学技術と公共政策研究ユニット(SciTePP)
エネルギー・環境分野のアジアへの技術移転・普及と日本の産業競争力の維持・向上を両立させる方策を研究します。
交通・観光政策研究ユニット(TTPU)
我が国の持続的な成長と豊かな国民生活を確保する上で、極めて重要な役割を果たすことが期待される交通・運輸分野やこれと密接に関連する観光分野を一体的に取り扱い、より高質な教育・研究活動を実施します（2019年4月1日国際交通政策研究ユニットを改称）。
ウェルビーイング研究ユニット
内閣府Well-beingダッシュボードに準拠した調査システムによる調査研究や、日本経済新聞社等と協働してアカデミアや民間企業の意見集約・政策提言を行います。熟議やマジョリティジャッジメントを活用したパリ型市民参加型予算の社会実装や、都市住民の専門知識や資金を地域に循環させウェルビーイングを向上させる地域振興の試みにも取り組んでいます。
自治体業務データ分析研究ユニット
地方自治体は、財務行政目的で個人や法人から膨大な所得情報を収集し管理しているが、個人情報取扱い等の制度整備の遅れのため、データとしては有効利用されないままになっています。このユニットでは地方自治体と協働し、行政管理情報を質の高い研究に結び付け、日本の研究水準を高めることを目指します。